系统生物学基础 如何使用Cell Illustrator和通路数据库=Foundations of systems biology using cell illustrator and pathway databases

封面 1
书名 2
版权 3
前言 4
目录 7
第1章 绪论 11
1.1 胞内活动 11
1.1.1 转录、翻译和调控 11
1.1.2 信号传导路径和蛋白质 12
1.1.3 代谢作用和基因 12
1.2 胞内反应和通路 13
第2章 通路数据库 14
2.1 主要的通路数据库 14
2.1.1 KEGG 15
2.1.2 BioCyc 16
2.1.3 Ingenuity Pathways Knowledge Base 16
2.1.4 TRANSPATH 17
2.1.5 ResNet 19
2.1.6 Signal Transduction Knowledge Environment（STKE）：细胞信号的数据库 19
2.1.7 Reactome 20
2.1.8 Metabolome.jp 20
2.1.9 归纳与总结 20
2.2 通路的显示软件 21
2.2.1 Ingenuity Pathway Analysis（IPA） 21
2.2.2 Pathway Builder 21
2.2.3 Pathway Studio 21
2.2.4 Connections Maps 22
2.2.5 Cytoscape 22
2.3 通路的文件格式 23
2.3.1 基因本体（Gene Ontology，GO） 23
2.3.2 PSI MI 23
2.3.3 CellML 23
2.3.4 SBML 23
2.3.5 BioPAX 24
2.3.6 CSML/CSO 24
第3章 通路仿真软件 26
3.1 仿真软件后台 26
3.1.1 架构：确定性，概率性，还是混合的？ 26
3.1.2 通路建模的方法 27
3.2 主要的仿真软件工具 27
3.2.1 Gepasi/COPASI 27
3.2.2 Virtual Cell 28
3.2.3 Systems Biology Workbench（SBW），Cell Designer，JDesigner 28
3.2.4 Dizzy 28
3.2.5 E-Cell 28
3.2.6 Cell Illustrator 28
3.2.7 总结 30
第4章 开始使用Cell Illustrator 31
4.1 安装Cell Illustrator 31
4.1.1 操作系统和硬件要求 31
4.1.2 Cell Illustrator的版本介绍 32
4.1.3 安装和运行Cell Illustrator 32
4.1.4 证书的安装 33
4.2 Cell Illustrator的基本概念 33
4.2.1 基本概念 33
4.2.2 实体 34
4.2.3 过程 37
4.2.4 连接 38
4.2.5 元素之间的连接规则 39
4.2.6 带有图标的元素 40
4.3 启动Cell Illustrator并创建和编辑模型 41
4.3.1 添加元素 42
4.3.2 模型编辑和画布上的操作 43
4.4 模型仿真 45
4.4.1 仿真时的设置 45
4.4.2 图表的设置 46
4.4.3 执行仿真 47
4.5 仿真的参数和规则 47
4.5.1 用离散实体和离散过程创建模型 48
4.5.2 用连续实体和连续过程构建模型 52
4.5.3 离散和连续的概念 54
4.6 使用带有图标的元素进行通路建模 54
4.7 用Cell Illustraor来构建通路的模型 57
4.7.1 自然降解 57
4.7.2 转移 59
4.7.3 转录 61
4.7.4 结合 63
4.7.5 解离 65
4.7.6 抑制 67
4.7.7 酶促反应下的磷酸化 69
4.8 总结 72
第5章 通路建模和仿真 76
5.1 信号通路的建模 76
5.1.1 主要参与者：配体和受体 76
5.1.2 构建在EGF刺激下经EGFR引起的信号传导通路的模型 76
5.2 代谢类模型的构建 87
5.2.1 化学反应方程式和对应通路的表现方法 87
5.2.2 米氏方程Cell Illustrator的通路表现方法 87
5.2.3 构建糖酵解通路的模型 88
5.2.4 糖酵解通路模型的仿真 101
5.2.5 模型改良 101
5.3 构建基因调控网络的模型 105
5.3.1 体内时钟和昼夜节律 105
5.3.2 小鼠昼夜节律的基因调控网络 106
5.3.3 小鼠昼夜节律基因网络的模型化 107
5.3.4 根据仿真结果产生假说 118
5.4 小结 122
第6章 有关各种通路的介绍…